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コロナ・東京ではドミナント(支配的地位)は駆逐済、Eek(E484K)を持つ変異株がになっている [コロナウイルス]

Hiroshi Makita Ph.D.@BB45_Coloradoのtwitter より


東京では在来株はとっくに駆逐済、Eek(E484K)を持つ変異株がドミナント(支配的地位)になっている。これをB.1.1.7が更に置換してドミナントになるのが5月である。
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東京では、3月上・中旬には既にEekがドミナントであった。これまでのCOVID-19エピデミックでは、変異株の急増は、その時点でのドミナントが何らかの理由で減衰する過程で生じている。
現在東京ではドミナントとして拡大期であったEekがB.1.1.7に圧迫され、ドミナントを失おうとしていることに特徴がある。
B1.1.7の倍加時間は10日以下という事が世界ではわかっているが、西日本の事例などから本邦でもそうだろう。
B1.1.7=20I/501Y.V1、UKコロナウイルス変異株、英語: Variant of Concern 202012/01; VOC-202012/01  ヴェアリィアントゥ オフ カァンサァー(ル)ン(ヌ)
B.1.1.7の場合、ほかの変異株より20歳未満の感染者の割合が高かった。「この株は感染力が強いだけでなく、感染した場合に重症化する割合も高く、われわれの懸念はそこにあります」米国テネシー州のバンダービルト大学の医療センターの感染症学教授ウィリアム・シャフナー氏はこう言う。
フランス、パリにあるパスツール研究所のウイルス免疫部門責任者オリビエ・シュワルツ氏によると、すべての年齢層において新規変異株の感染力が高まっており、学校や保育園で密接な接触がある子どもたちは、以前よりも感染しやすくなっている。であれば、子どもたちはお互いに、また家庭において、さらに感染を広げやすいはずだ。

3月10日付けで医学誌「BMJ」に発表された英国の調査では、新規変異株の方が致死リスクが32〜104%高かったことが示された。
B.1.1.7がウイルスのタンパク質に関わる変異を非常に多く獲得し(計17カ所)、その中にはヒトの細胞に取り付く部分であるスパイクタンパク質の変異が8カ所もあるためだと研究者らは考えている。

変異株B.1.1.7のスパイクタンパク質の遺伝子には、「欠失」と呼ばれる変異・遺伝子コードの一部分が欠如する変異がいくつかある。

「欠失」のため感染後に体の免疫反応が起こっても、この変異株は抗体を逃れやすくなるという研究結果が2月5日付けで学術誌「Nature」に発表された。
また「欠失」はスパイクタンパク質の遺伝子を標的とする一部の検査キットにおいて、偽陰性の結果が示される原因ともなる。これは「SGTF(Spike Gene Target Failure) failure とは【意味】失敗,不成功」と呼ばれ、米食品医薬品局(FDA)は、米国内においてB.1.1.7およびその他の欠失変異株が増加していることにより、検査で偽陰性の結果が出る可能性に対処するよう勧告を出している。
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B.1.1.7とEekは競合状態にあるのが、この関係が崩れれば、B.1.1.7が一挙にドミナントを取る。4月中・下旬から5月上旬と思われる。東京は大阪に3週間程度遅行しているだけである。


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